As Clínicas instrumentais constituem-se de cursos de duração máxima de 01 ano, podendo ser prorrogados por mais um ano a critério do professor e da Direção Pedagógica da Tom Jobim - EMESP. Destinam-se a profissionais já formados que necessitam de atualização técnica instrumental.
O ingresso para as vagas disponíveis, como para os outros cursos, se dá mediante exame de proficiência de técnica instrumental.